06-03-2023
Contribution des omiques à la bioconservation : Vers une ingénierie du microbiome alimentaire
La bioconservation est une approche durable pour améliorer la sécurité alimentaire et maintenir ou prolonger la durée de conservation des aliments en utilisant des micro-organismes bénéfiques ou leurs métabolites. Au cours des 20 dernières années, une gamme de méthodes comprenant la génomique, la transcriptomique, la protéomique, la métabolomique et les dérivés méta-omiques ont mis en évidence le potentiel de la bioconservation pour améliorer la sécurité microbienne de divers aliments.
Cet article de revue montre comment ces approches ont contribué à la sélection des agents de bioconservation, à une meilleure compréhension des mécanismes d’action et de leur efficacité et impact au sein de l’écosystème alimentaire. Il présente également le potentiel de combiner les omiques avec des approches complémentaires pour mieux prendre en compte la complexité des microbiomes alimentaires à plusieurs échelles, de la cellule à la communauté, et leur hétérogénéité spatiale, physico-chimique et microbiologique. Les dernières avancées en bioconservation par les omiques ont souligné l’importance de considérer l’alimentation comme un microbiome complexe et dynamique qui nécessite des stratégies d’ingénierie intégrées pour augmenter le taux de production d’innovation afin de répondre aux enjeux sécuritaires, environnementaux et économiques du secteur agroalimentaire.
Borges F, Briandet R, Callon C, Champomier-Vergès M-C, Christieans S, Chuzeville S, Denis C, Desmasures N, Desmonts M-H, Feurer C, Leroi F, Leroy S, Mounier J, Passerini D, Pilet M-F, Schlusselhuber M, Stahl V, Strub C, Talon R and Zagorec M (2022). Contribution of omics
to biopreservation: Toward food microbiome engineering. Front. Microbiol. 13:951182. doi: 10.3389/fmicb.2022.951182
Contact : Sarah Chuzeville et Catherine Denis